חדר נקי בבתי חולים משמש בעיקר בחדרי ניתוח מודולריים, טיפול נמרץ, חדרי בידוד וכו'. חדר נקי רפואי הוא תעשייה ענקית ומיוחדת, במיוחד לחדר ניתוח מודולרי יש דרישות גבוהות לניקיון האוויר. חדר ניתוח מודולרי הוא החלק החשוב ביותר בבית החולים והוא מורכב מחדר ניתוח ראשי ואזור עזר. רמת הניקיון האידיאלית ליד שולחן הניתוח היא להגיע לדרגה 100. בדרך כלל מומלץ להשתמש בתקרה למינרית עם סינון HEPA ברוחב של לפחות 3*3 מטר בחלק העליון, כך שניתן יהיה לכסות את שולחן הניתוח והמפעיל בפנים. שיעור ההדבקה של המטופל בסביבה סטרילית יכול לרדת פי 10 ויותר, כך שניתן להשתמש פחות או בכלל לא להשתמש באנטיביוטיקה כדי למנוע פגיעה במערכת החיסון האנושית.
קחו לדוגמה אחד מחדרי הניקיון של בית החולים שלנו. (הפיליפינים, 500 מ"ר, דרגה 100+10000)
